Studi in Silico Prediksi Potensi 6-Gingerol sebagai inhibitor c-Jun N-terminal kinases (JNK) Prediction Potential of 6-gingerol as c-Jun N-terminal kinases (JNK): In Silico approach

Main Article Content

Yohanes Bare
Andri Maulidi
Dewi Ratih Tirto Sari
Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng Tiring

Abstract

Revolusi industri 4.0 mendorong pendidikan harus sesuai perkembangan teknologi. Penggunaan in silico merupakan metode dalam bidang biologi yang menggunakan komputer dan internet dalam kajiannya. Penyembuhan penyakit diabetes melitus tipe 2 (DMT2) menjadi perhatian dalam kajian in silico. Senyawa 6-gingerol dari jahe diinteraksikan dengan protein JNK. Tujuan dari penelitian dari penelitian ini untuk menganalsisi potensi 6-gingerol sebagai inhibitor JNK.  Penelitian ini menggunakan metode in silico. Protein JNK (ID: 464Y) diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) sedangkan ligan 6-gingerol (CID: 44559528) diperoleh dari database PubChem. Ligan dan protein diinteraksikan menggunakan HEX 8.0.0, visualisasi dan analisis data menggunakan Discovery studi client 4.1. Analisis yang dikaji adalah jumalah residu asam amino yang berinteraksi dengan JNK, ikatan hidrogen, dan energi yang dibentuk.  Interaksi 6-gingerol dan JNK terdapat dua residu Arg107 dengan ikatan hidropobik dan Ser217 dengan ikatan hydrogen. Gaya van der Waals yang terbentuk pada residu asam amino ALA74, GLN75, ALA211, ALA214, LYS106, THR213, THR103, GLN1022, GLU384, dan HIS104. Energi yang terbentuk adalah -299.65cal/mol. Ligan 6-gingerol diprediksi memiliki potensi sebagai inhibitor JNK.

Downloads

Download data is not yet available.

Article Details

How to Cite
[1]
Y. Bare, A. Maulidi, D. R. T. Sari, and S. S. N. D. Tiring, “Studi in Silico Prediksi Potensi 6-Gingerol sebagai inhibitor c-Jun N-terminal kinases (JNK): Prediction Potential of 6-gingerol as c-Jun N-terminal kinases (JNK): In Silico approach”, JJMS, vol. 1, no. 2, pp. 59-63, May 2020.
Section
Articles

References

B. Prasetyo and U. Trisyanti, “Revolusi Industri 4.0 dan Tantangan Perubahan Sosial,” Pros. SEMATEKSOS 3 “Strategi Pembang. Nas. Menghadapi Revolusi Ind. 40,” 2018.

E. Risdianto, “Analisis Pendidikan Indonesia Di Era Revolusi Industri 4.0,” p. 16, 2019.

S. Hardjono, “Sintesis dan Uji Aktivitas Antikanker Senyawa 1-(2-KLOROBENZOILOKSI) Urea dan 1-(4-KLOROBENZOILOKSI) Urea,” no. 1, p. 6, 2013.

F. Jensen, Introduction to Computional Chemistry, 2nd Ed. Denmark: Odense, 2007.

Y. Bare, A. D. Kuki, A. H. Rophi, G. C. Krisnamurti, and Ma. W. W. G. Lorenza, “Prediksi Asam Kuinat sebagai Anti-inflamasi terhadap COX-2 secara Virtual,” Biota J. Imiah Ilmu-Ilmu Hayati, vol. 4 (3), 2019.

Y. Bare, M. Helvina, A. Elizabeth, and D. R. T. Sari, “The Potential Role of Caffeic Acid as Simultan Peroxixme roliferator-activated receptor gamma (PPAR-?) Gene In Silico Study,” J. Saintek Lahan Kering, vol. 2, no. 2, pp. 52–53, 2019, doi: https://doi.org/10.32938/slk.v2i2.866.

Y. Bare, D. R. Sari, Y. T. Rachmad, S. S. N. D. Tiring, A. H. Rophi, and F. A. D. Nugraha, “Prediction Potential Chlorogenic Acid As Inhibitor Ace (In Silico Study),” Bioscience, vol. 3, no. 2, p. 197, Oct. 2019, doi: 10.24036/0201932105856-0-00.

Y. Bare, A. Marhendra, T. Sasase, and F. Fatchiyah, “Differential Expression of IL-10 Gene and Protein in Target Tissues of Rattus Norvegicus Strain Wistar Model Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM),” Acta Inform. Medica, vol. 26, no. 2, p. 87, 2018, doi: 10.5455/aim.2018.26.87-92.

E. Moa, “Setiap Bulan 20 Warga Kabupaten Sikka Terkena Stroke Artikel ini telah tayang di pos-kupang.com dengan judul Setiap Bulan 20 Warga Kabupaten Sikka Terkena Stroke,” 2017. [Online]. Available: https://kupang.tribunnews.com/2017/10/30/setiapbulan20wargakabupaten-sikkaterkenastroke?page=2. [Accessed: 22-Jul-2019].

J. Cui, M. Zhang, Y. Zhang, and Z. Xu, “JNK pathway: diseases and therapeutic potential,” Acta Pharmacol. Sin., vol. 28, no. 5, pp. 601–608, May 2007, doi: 10.1111/j.1745-7254.2007.00579.x.

D. Kesuma, S. Siswandono, B. T. Purwanto, and S. Hardjono, “Uji in silico Aktivitas Sitotoksik dan Toksisitas Senyawa Turunan N-(Benzoil)-N’- feniltiourea Sebagai Calon Obat Antikanker,” JPSCR J. Pharm. Sci. Clin. Res., vol. 3, no. 1, p. 1, Mar. 2018, doi: 10.20961/jpscr.v3i1.16266.

Q.-Q. Mao et al., “Bioactive Compounds and Bioactivities of Ginger (Zingiber officinale Roscoe),” Foods, vol. 8, no. 6, p. 185, May 2019, doi: 10.3390/foods8060185.

M. B. Samad et al., “[6]-Gingerol, from Zingiber officinale, potentiates GLP-1 mediated glucose-stimulated insulin secretion pathway in pancreatic ?-cells and increases RAB8/RAB10-regulated membrane presentation of GLUT4 transporters in skeletal muscle to improve hyperglycemia in Leprdb/db type 2 diabetic mice,” BMC Complement. Altern. Med., vol. 17, no. 1, Dec. 2017, doi: 10.1186/s12906-017-1903-0.

A. Chávez and M. Muñoz de Chávez, “Nutrigenomics in public health nutrition: short-term perspectives,” Eur. J. Clin. Nutr., vol. 57, no. S1, pp. S97–S100, Sep. 2003, doi: 10.1038/sj.ejcn.1601809.

R. Yarza, S. Vela, M. Solas, and M. J. Ramirez, “c-Jun N-terminal Kinase (JNK) Signaling as a Therapeutic Target for Alzheimer’s Disease,” Front. Pharmacol., vol. 6, Jan. 2016, doi: 10.3389/fphar.2015.00321.

J. Hirosumi et al., “A central role for JNK in obesity and insulin resistance,” Nature, vol. 420, no. 6913, pp. 333–336, Nov. 2002, doi: 10.1038/nature01137.

V. Aguirre, T. Uchida, L. Yenush, R. Davis, and M. F. White, “The c-Jun NH -terminal Kinase Promotes Insulin Resistance during Association with Insulin Receptor Substrate-1 and Phosphorylation of Ser,” J. Biol. Chem., vol. 275, no. 12, pp. 9047–9054, Mar. 2000, doi: 10.1074/jbc.275.12.9047.

S. Abdelli et al., “Intracellular Stress Signaling Pathways Activated During Human Islet Preparation and Following Acute Cytokine Exposure,” Diabetes, vol. 53, no. 11, pp. 2815–2823, Nov. 2004, doi: 10.2337/diabetes.53.11.2815.

H. Kaneto, G. Xu, N. Fujii, S. Kim, S. Bonner-Weir, and G. C. Weir, “Involvement of c-Jun N-terminal Kinase in Oxidative Stress-mediated Suppression of Insulin Gene Expression,” J. Biol. Chem., vol. 277, no. 33, pp. 30010–30018, Aug. 2002, doi: 10.1074/jbc.M202066200.