Perancangan Vaksin 3H5S HVC Sederhana Secara In Silico

Simple In Silico 3H5S Vaccine Design

Abstrak

Uji in silico adalah suatu istilah yang digunakan untuk percobaan atau pengujian yang dilakukan dengan metode simulasi komputer. HCV adalah virus a flavivirus. Genom hepatitis C adalah molekul RNA untai tunggal 9,6 kb yang berfungsi sebagai cetakan untuk terjemahan dan replikasi. Pada penelitian ini dilakukan pencarian sekuen protein 3H5S HVC dengan NCBI dan prediksi epitop sel B menggunakan metode BepiPred. Setelah semua langkah-langkah telah dilakukan, didapatkan hasil pengamatannya. Yang pertama pada tahap pencarian sekuen protein 3H5S HVC, didapatkan nilai ambang batasnya dan prediksi keseluruhan untuk Antigen Pelindungnya, nilai ambang batasnya adalah 0,4 dan prediksi keseluruhan untuk Antigen Pelindungnya adalah 0,4816 (kemungkinan antigen). Dan berdasarkan hasil prediksi epitop sel B didapatkan data-data terkait nama sekuen, posisi awal, posisi akhir, dan skor dari epitop. Sekuen protein yang didapat dari data terdiri dari urutan huruf-huruf, setiap huruf merupakan kode dari suatu asam amino. Semua sekuen protein dibuat dalam format FASTA agar memudahkan penggunaan dalam software maupun server. Hasil prediksi epitop sel B menggunakan server BepiPred menghasilkan beberapa sekuen epitope yang dilengkapi dengan skor spesifisitas bindingnya. Pada hasil prediksi epitop sel B yang didapat ditampilkan posisi-posisi dari epitope-epitope yang menggambarkan tingkat pengenalan epitop sel B atau pengikatan dengan antibodi sehingga dalam penentuan sekuen vaksin nantinya, epitop-epitop hasil prediksi diseleksi berdasarkan tingkat accesiblenya.